Der spätgotische Flügelaltar ist um 1500 in den Dom gekommen und stammt aus dem Kreis um den Hamburger Bildschnitzer Hinrik Bornemann. Der goldene Hintergrund symbolisiert das himmlische Licht, welches die Deutung gibt. Auf der goldenen Seite finden wir in der Kreuzigung die Stifter des Altars kniend dargestellt, die mecklenburgischen Herzöge Magnus I. und Balthasar. Sie sind noch einmal stehend an den Seiten zu finden. Das Kreuz teilt die Menschen; rechts von Christus gesehen sind diejenigen, die sich zu ihm bekennen, links diejenigen, die ihn herausdrängen aus der Welt. Der Betrachter steht vor der Frage, auf welcher Seite er seinen Platz hat. Rechts von Christus ist der Mitgekreuzigte, der sich sterbend noch zu Christus bekennt und die Verheißung empfängt: "Heute wirst du mit mir im Paradiese sein." Über ihm ist ein Engel, der seine Seele in den Himmel trägt. Über dem anderen Mitgekreuzigten ist der Teufel, der seine Seele erwartet, um sie in die Hölle zu führen; er stirbt im Unfrieden. In der Umrahmung der Kreuzigung befinden sich sechs kleine Figuren, rechts, links und oben jeweils zwei. Es sind die Propheten des Alten Testaments; ihre Schriftrollen sind leer zum Zeichen dafür, dass ihre Verheißungen mit dem Kommen Christi erfüllt sind. Neben der Kreuzigung ist rechts Johannes der Täufer dargestellt, der mit dem langen Zeigefinger von sich weg auf Christus deutet. Das Lamm auf dem Buch deutet auf Christus, das Lamm Gottes, das die Sünde der Welt wegträgt. Neben Johannes steht Cäcilie, die Schutzheilige der Musik. Auf der anderen Seite sind neben Paulus die Heiligen Katharina und Sebastian dargestellt. Die genaue Benennung ist dem Altarschema zu entnehmen. Bei den zwölf Aposteln fehlt Philippus; dafür ist Paulus dargestellt. Auf der Rückseite des Altars erinnert eine Tafel an den ersten evangelischen Gottesdienst 1568 und an eine Baumpflanzaktion, die Herzogin Elisabeth in den Heidbergen angeregt hat.